پدر خواجه وجیه الدین محمد بن حسن طوسى از فقهاى امامیه و محدثین طوس بود و خواجه در خاندان علم و دانش پرورش یافت و مقدمات علوم را در همان طوس آموخت و نزد پدر تحصیل فقه و حدیث نمود و همچنین از خالش نور الدین على بن محمد شیعى و از خال پدرش نصیر الدین عبد اللّه بن حمزه [1] و غیر این جماعت سماع حدیث کرد[2] و از ایشان مجاز گردید، پس از آن براى تکمیل دانش خویش از طوس به نیشابور که در آن زمان از مراکز مهم علمى ممالک اسلامى محسوب مى شد و مجمع علما و فقها و روات حدیث و اطباء و حکما بود رفت و مدتى در آن شهر مقام کرد و از محضر دانشمندانى چند چون فرید الدین داماد نیشابورى [3] تلمذ کرد و اشارات شیخ  را در خدمت وى فراگرفت و نیز در خدمت قطب الدین مصرى [4] از بزرگترین شاگردان امام فخر رازى کتاب قانون ابو على را تحصیل کرد و بعد از آن از نیشابور بیرون شد و بخدمت اساتید دیگر چون کمال الدین بن یونس موصلى [5] که در اکثر علوم مخصوصا علوم ریاضى سرآمد اقران بود پیوست و از محضر او مدتى استفاده کرد، و نیز در نزد معین الدین سالم بن بدران مازنى مصرى [6] که از بزرگان فقهاء امامیه بود قسمتى از کتاب غنیه ابن زهره را که در اصول فقه است خواند و از وى مجاز گردید و او در سال 619 اجازه غرائى بخواجه داد که صورت اجازه اش در کتاب اجازات بحار الانوار و سایر کتب ثبت است.

و دیگر از اساتید خواجه شیخ ابو السعادات اصفهانى است.

از مشایخ روایتش شیخ برهان الدین محمد بن محمد بن على قزوینى است که در رى ساکن بوده و از شیخ منتجب الدین قمى صاحب کتاب فهرست اجازه روایت داشته است [7].

خواجه پس از تکمیل علوم و استفاده از محضر بسیارى از حکما و اطبا و فقها و ریاضى دانها بواسطه هجوم لشکر تتار و اضطراب و تشویش اوضاع ایران خصوصا خطه خراسان مدتى سرگردان باطراف بلاد مى گشت و مأمنى مى جست، چون قلاع اسماعیلیه در آن هنگام ایمن ترین نقاط مملکت بود و رئیس ناصر الدین عبد الرحیم بن ابى منصور محتشم قهستان و فرمانفرماى قلاع اسماعیلیه در خراسان از وى دعوت کرده بود بقهستان رفت و محتشم مقدم خواجه را گرامى داشت و در رعایت خاطر و احترام و اکرام او بغایت کوشید، و وسایل آسایش و راحت برایش فراهم نمود و از محضرش استفاده مى کرد.

خواجه مدتى در قهستان ماند و در همین اوقات (بین سالهاى 630- 633) بنابر خواهش ناصر الدین کتاب طهارة الاعراق ابو على مسکویه رازى را بفارسى ترجمه کرد و بر آن مطالبى افزود و آنرا «اخلاق ناصرى» به اسم ناصر الدین نامید. و نیز چند کتاب دیگر که از جمله رساله معینیه و شرح آنرا بپارسى بنام معین الدین پسر ناصر الدین تألیف کرد و اخلاق محتشمى را ترجمه نمود.

تاریخ رفتن خواجه به قهستان بدرستى معلوم نیست ولى مسلم است که  پس از سال 619 که از سالم بن بدران مجاز شده و بعد از تاریخ 624 که ابتداى فرمانفرمائى ناصر الدین محتشم در قهستان است مى باشد.

خواجه پس از مدتى اقامت در قهستان بنا بدر خواست علاء الدین محمد پادشاه اسماعیلیه بهمراهى ناصر الدین بقلعه میمون دز رفت و پادشاه اسماعیلى مقدم او را گرامى داشت و در اعزاز و احترام وى افزود و کتابخانه مهم خویش را براى مطالعه در اختیار وى گذاشت و خواجه در آنجا بى اختیار ببود تا آنکه علاء الدین درگذشت و نوبت سلطنت بخورشاه رسید، و در این وقت هلاکو براى استیصال اسماعیلیه باطراف قلاع ایشان لشکر کشید، و خور شاه باستصواب خواجه تسلیم شد. و در روز یکشنبه اول ذیقعده سال 654 با اعیان دولت خود و خواجه جهان و جمعى که در قلعه محبوس بودند از دژ بزیر آمد.

هلاکو چون مراتب فضل و کمال خواجه را شنیده بود و هم آگاه شده بود که خور شاه بصلاح دید وى دست از ستیز و آویز کشیده است او را بنواخت و ملازم رکاب خویش گردانید. و چون از کار اسماعیلیه فارغ شد بفکر فتح بغداد و تنبیه خلیفه برآمد و در این باب با خواجه مشورت نمود و خواجه او را در این امر تشویق کرد و هلاکو متوجه بغداد گردید و آن شهر را در محاصره افکند، و مدتى زمان محاصره امتداد یافت تا آنکه لشکر مغول از اطراف ببغداد حمله کردند و کار را بر لشکر خلیفه و مردم بغداد تنگ نمودند تا خلیفه ناچار به تسلیم گردید و روز یکشنبه چهارم صفر سال 656 با سه پسر خود از شهر بیرون شد و باردوى هلاکو خان رفت و بغداد به تصرف مغولان درآمد.

هلاکو پس از نابود کردن خلیفه از اطراف بغداد حرکت کرد و متوجه تختگاه خویش گردید. خواجه طوسى پس از فتح بغداد سفرى بحله اسدیه  مزیدیه که در آن وقت مجمع علماء شیعه و مرکز فقهاء امامیه بود کرد و بمجلس درس محقق اول [8] وارد شد و علما و فقهاء آنجا همگى بحضورش رسیدند و محقق یک یک آنها بخواجه معرفى کرد و مرتبه علمى کسانى را که در آن مجلس حاضر بودند بیان نمود و خواجه پس از دیدار ایشان باردو مراجعه کرد.

[1] نصیر الدین ابو طالب عبد اللّه بن حمزه طوسى مشهدى از اعیان علماء امامیه و از بزرگان این طایفه و داراى تألیفات چندیست که از جمله کتاب ایجاز المطالب فى ابراز المذاهب است .
[2] مجمع الاداب ابن الفوطى چاپ هند در احوال کمال الدین ابو محمد رضا افسطى آبى
[3] فرید الدین ابو محمد حسن بن محمد بن حیدر فریومدى حکیم اصولى معروف به داماد و فریومد از توابع نیشابور است و چون فرید الدین در شهر نیشابور مى زیسته به نیشابورى شهرت یافته وى از شاگردان امام فخر رازى و صدر الدین سرخسى است و خواجه طوسى و شمس الدین عبد الحمید خسروشاهى از شاگردان ویند.
[4] قطب الدین مصرى ابراهیم بن على بن محمد السلمى وى اصلا از مردم مغربست و چون مدتى در مصر مى زیسته به مصرى شهرت یافته است. او از مصر براى تکمیل تحصیلات خویش به خراسان سفر کرد و از محضر امام فخر رازى استفاده نمود و در نیشابور اقامت گزید و در سال 618 بدست مغولان کشته شد.
[5] کمال الدین بن یونس موصلى ابو الفتح موسى بن یونس متولد سال 551 و متوفى چهاردهم شهر شعبان سال 639 در موصل مى زیست وى در علوم ریاضى از اقلیدس و هیأت و مخروطات و مجسطى و جبر و مقابله و موسیقى منفرد بود و از اقرانش کسى بپایه او در آن زمان نمى رسید.
[6] شیخ معین الدین مصرى ابو الحسن سالم بن بدران بن على المازنى فقیه شیعى وى از شاگردان ابن ادریس حلى و استاد خواجه طوسى است و داراى تصانیف چندى بر مذهب شیعه است.
[7] شیخ برهان الدین محمد بن محمد بن على همدانى قزوینى محدثى فاضل و عالمى جلیل بوده و بسیارى از مشایخ بزرگ از او سماع حدیث کرده اند که از جمله آنها خواجه طوسى است .
[8] محقق اول جعفر بن حسن بن یحیى هذلى حلى ملقب به نجم الدین و مکنى به ابو القاسم و معروف به محقق اول از فقهاء و بزرگان علماى شیعه امامیه است او را تصانیف نافعه بسیاریست که از جمله کتاب «شرایع الاسلام» و «مختصر نافع» و کتاب «نکت النهایه» است تولدش در سال 602 وفاتش بقول صحیح در 676 بوده است.